南京政府成立后，成立了官方的科研机构，鼓励高等学院成立科研院所，鼓励科学技术发明。
一、中央研究院的成立
1928年4月，根据蔡元培等人的提议设立专门的国家科研机构——中央研究院。受国民政府政府的直接领导。在上海、南京等全国各地设有物理、化学、天文、气象、地质、工程、历史语言、社会科学、动植物研究所。同时，它还是全国最高学术机关，对全国的学术研究有指导、联络、奖励责任。蔡元培为院长，至1930年有研究人员193名。至1935年全国各类专门的科研机构有73个，其中34个专门从事科学技术方面的研究。
二、中国科学的初步发展
（一）数学方面
华罗庚对解析数论、邓建功对三角级数、许宝禄对数里统计的研究都达到世界先进水平。熊庆来在无穷极整函数方面的研究成果被国际数学界命名为“熊氏无穷极”
（二）物理学方面
吴有训与美国物理学家康普顿成立了著名的“康普顿－吴有训效应”。
（三）化学方面
侯得榜1933年写出《纯碱制造》，为世界制碱工业解决了一项存在70余年的技术问题。
（四）地质方面
李四光撰写《地质力学概论》，创立了地质力学理论，提出中国也有第四纪冰川的确证，并预测中国在东、中、西三个地带可能藏有丰富的石油和天然气。
（五）考古学方面
陆续进行了九石器时代“北京猿人”、“河套人”、“山顶洞人”、和新石器时代“仰韶文化”以及殷墟遗址的发掘工作。其中“北京猿人”和殷墟遗址的发掘具有重要意义。后者被称为“一项伟大的学术成就”。
