地方行政长官也利用手中的权力极力侵占公家或别人的土地，增辟庄园，从而形成地方豪强势力。十一世纪，许多有势力的庄园获得“不输”、“不入”的特权，即不向国家交纳租税和不准政府官员进入庄园干预内部事务。地方豪强势力的日益强大，逐渐形成脱离中央控制的割据势力，天皇权力则日益削弱。九世纪中叶后二百余年间，大贵族藤原氏（即中臣氏）专权，政治腐败，贵族经常为争占土地互相火并，为保护自己的庄园，地方豪强把自己的家族成员和仆从武装起来，组成血缘关系、主从关系相结合的军事集团，其成员称为武士。武士势力增长很快，十一世纪便形成两大集团：关东源氏和关西平氏。1185年，源氏消灭平氏控制了中央政权。1192年，源赖朝取得“征夷大将军”的称号，在镰仓设立将军幕府，开始了幕府统治时期。幕府与天皇朝廷同时并存，名义上将军由天皇任命，实际上朝廷没有任何权力，幕府是事实上的中央政府。幕府设政所、侍所和问注所分管全国政治、军事和司法大权。地方上，各国（省）和各地庄园委派亲信武士担任守护、地头，将军是全国最大的封建主，他属下的武士是占有不同数量土地的大小封建主，将军和武士结成主从关系，将军保护家臣（武士），武士宣誓效忠将军，承担纳贡和服兵役的义务。1333年，后醍醐天皇乘幕府势衰联合武士贵族推翻了镰仓幕府，但不久政权落到了另一个实力派武士足利尊氏手中，1336年他攻入京都，自任征夷大将军，日本进入了室町幕府时期（1336—1573年）。后醍醐逃到南方另立朝廷，直到十四世纪末被北朝所灭，史称南北朝时期。事实上室町幕府的统治很不巩固，1467年因第八代继承人问题引起了长达11年的全国性内战，此后，日本内战不休，进入到了战国时代，直到1573年室町幕府灭亡。
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